本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altai

徐一洋是个学生兼焊工，接到个单子，要求焊一个500cm机甲，越科幻越好！是美女客户送给科学家爷爷的寿礼，并且表示钱管够。难度太大，正想放弃，激活超神科技系统，机甲制造成功。寿宴当天，机甲亮相，拉风锐利

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱

世界遭受了未知生物的袭击，一片荒芜。此时，由男女主角（阿豪和小琴）等八人组成的特..

在未来，由于地球资源枯竭，人类面临着严重的死亡威胁、感染疾病、饥荒和战争，地球即将走向灭亡。一组科学家推出“立方计划（HEXA）”，旨在于太空中探索和寻找一个人类可居住的星球。

200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好

地球的文明在2050年，已经高度发达，人类发明了多种机器人来帮助人类开发能源，但此类机器人在经过长时间使用后，都被地球人废弃在山脚下，被地球人当成了垃圾。